Ключова разлика: Атомите са основните единици, от които е създадена цялата материя. Атомите на различни елементи се събират, за да правят молекули. Това се случва чрез химическа реакция. Една молекула е най-малкото количество химично вещество, което може да съществува. По същество съединението е вид молекула. Молекулата може да бъде съставена от два или повече атома от един и същ елемент или два или повече атома от различни елементи. Въпреки това, съединенията са молекули, които са съставени от атоми на различна молекула.

Елемент е чисто химическо вещество, което има един или един вид атом, който се отличава с атомния си номер. Атомният номер се извлича от броя на протоните, намиращи се в ядрото на елемента. Общо са идентифицирани 118 елемента, разделени между метал, металоиди и неметали. Всеки елемент има свой собствен набор от свойства. Повечето елементи са налични на земята, докато някои от тях са развити изкуствено чрез ядрени реакции. Елементът вече е в най-суровия си вид и не може да бъде допълнително разбит. Всички елементи могат да бъдат намерени в Периодичната таблица, изброени по атомен номер.
Атомите на различни елементи се събират, за да правят молекули. Това се случва чрез химическа реакция. Например: два водородни атома и един кислороден атом се комбинират, за да образуват водна молекула.
Една молекула е най-малкото количество химично вещество, което може да съществува. Като най-малкото количество вода, което може да има, е молекула вода или Н20. Тя е съставена от различни атоми заедно; следователно тя може да бъде разделена обратно в различните атоми.
Молекулата може да има много различни свойства от елементите, от които е направена. Например: водата се държи много по-различно от кислород или водород, въпреки че се състои от два водородни атома и един кислороден атом.
Освен това, един атом не може да съществува самостоятелно в природата, без да се свързва с нещо. Ние никога няма да намерим само един кислороден атом или един въглероден атом. Тя винаги е свързана с нещо като О2 (кислород) или СО2 (въглероден диоксид). Когато е свързана с молекулата, молекулата може да съществува независимо в природата, поради което винаги можем да намерим молекула кислород, молекула въглероден диоксид, молекула вода (H2O) и т.н.

Молекулите винаги са склонни да се групират заедно, тяхното формиране зависи от тяхното състояние. Като в газово състояние, молекулите са склонни да летят наоколо. В течно състояние, молекулите са склонни да се групират заедно, така че те все още могат да се движат. Докато в твърдо състояние, молекулите са плътно опаковани заедно и могат само да вибрират.
Молекулите обикновено са представени в молекулна формула. Например: О2, Н20, CO2, C6H12O6 (захар). Молекулната формула е името на елемента, последвано от броя на атомите на този елемент в молекулата.
По същество съединението е вид молекула. Молекулата може да бъде съставена от два или повече атома от един и същ елемент или два или повече атома от различни елементи. Съединенията обаче са молекули, съставени от атоми от различни елементи. Следователно може да се каже, че всички съединения са молекули, но не всички молекули са съединения.
Така водород (H2), кислород (O2), азот (N2), вода (H2O), въглероден диоксид (CO2) и метан (CH4) са всички молекули. Обаче, само водата (H2O), въглеродният диоксид (CO2) и метанът (CH4) са съединения, а другите не.