Ключова разлика: шиитите са един от двата основни секта на исляма, а другият е сунити. Исмаили е разделение в шиитската секта. Разделението се дължи на избора на имам.
Преди да разберете как шиитите се разделят на тези три клона, е важно да разберете как се формират различията между сунити и шиити. При Мохамед всички мюсюлмани бяха считани за един. Мохамед се счита за последен Божий пророк. Разликите последваха смъртта на Мохамед. Мохамед умира, без официално да обяви наследник, който да води мюсюлманската общност. Има двама главни претенденти: Абу Бакр (свекърът на Мухаммад) и Али (братовчед на Мохамед и зет). Сунитите подбрали Абу Бакр, който бил приятел и довереник на Мохамед като халиф, за да води и съветва. Въпреки това шиитците вярвали, че халифатът трябва да остане в семейството на Мохамед и затова предпочете Али за лидер. Али стана четвъртият халифат под сунитското правило. Освен това има и други малки различия по отношение на това как се молят и какво вярват. Поради тези различия между шиитите и сунитите, има постоянни сблъсъци между двете секти на исляма.
Шиитите също са изправени пред някои вътрешни разногласия по отношение на имамите и които трябва да водят като имам. При шиитския ислям имам се смята за лидер, на когото се гледа като на ръководство за всички аспекти на живота. Според доктрината на шиитите, имама е божествена институция, която е наследила институцията на Пророчеството. Те вярват, че имамите са избрани и подбрани от божествените същества, те имат пълно знание и могат правилно да тълкуват Куран. Сега разликата между шиитите се различава поради подбора на имамите. Исмаили е клон на шиитския ислям, който носи името на Исмаил ибн Джафар, който според тях е законно назначен имам или духовен наследник. Това се различава от дванадесетте, които вярват, че Mūsà al-Kāżim, по-малкият брат на Исмаил, е истинският имам.
Исмаилизмът в един момент е най-големият клон на шизим, който е бил в политическа власт през десети и дванадесети век. Тъй като Исмализмът е клон и част от шиитите, и двамата споделят много убеждения, включително, че има само един истински Бог и че имамите трябва да бъдат потомци на Мохамед чрез дъщеря си Фатима. И шиити, и исмаили вярват, че семейството на Мухаммад (Ahl al-Bayt) като божествено избрано, непогрешимо и водено от Бог да ръководи ислямската общност.
Низари Исмаили е път (tariqah) на шиитския ислям, като подчертава социалната справедливост, плурализма и човешкия разум в рамките на мистичната традиция на исляма. Той се счита за втория по големина клон на исляма и формира мнозинството от исмаили. Мустаали Исмаили е секта на ислямисткия шиитски ислям. Основната разлика между Низари Исмаили и Мустаали Исмаили е кой трябваше да води като имам. Низарите приемат Имам Низар (първия) за деветнадесетия имам, докато мюсталистите смятат по-малкия брат на Низар Мустали. Мюсюлманите Низари понастоящем се ръководят от Ага Хан IV, който е известен като Имам Шах Карим.
Според Уикипедия, „Мустаите са наричани още Тайаби или Чайиби, след последния Имам, когото те признават, Чайиб Аби л-Каим. Исторически е имало разграничение между Чайибиййа и Шафизийя, като последните признават Фатимидските владетели на Египет (между 1130–1169) като легитимни Имами, а не Чайиб Аби л-Каим. Погледът на Хафизи загуби цялата подкрепа след падането на династията Фатимид: днешната Мустаилия са всички Чайибии. Най-голямата група Mustaali е Bohra, а най-голямата група Bohra е Dawoodi Bohra, намираща се предимно в Индия. Името Бора е интерпретация на гуджаратската дума vahaurau ("за търговия"). Хората от Бора се състоят от две основни групи: главно търговско мнозинство от шиити и малцинство от суни, които са предимно селски фермери.
Шиитите и исмаилите са доста сходни по своите вярвания и култури, тъй като исмаилитите са част от шиитската секта. Всички секти споделят една и съща вяра по отношение на Аллах и Мохамед. Аллах се вярва на единствения и истински Бог, като Мохамед е последният Божий пророк.
