Основна разлика: Католическата Библия съдържа оригиналните четиридесет и шест книги от Стария Завет (които включват седемте книги на Апокрифите) и двадесет и седемте книги на Новия Завет. Протестантската Библия включва само тридесет и девет книги от Стария завет и двадесет и седемте книги на Новия Завет.

Основна разлика между католическата и протестантската църкви е тяхната вяра по отношение на Библиите. Католиците смятат, че Библията има еднаква власт с Църквата и традицията, докато протестанти гледат на Библията като върховен авторитет за вяра и практика.
Трябва да се отбележи, че Библията не е само една книга; това е колекция от книги от писания до исторически събития. Това е библиотека от истории за живота на Исус, неговите апостоли и живота им, след като Исус умря на кръста. В края на 4-ти век тези разнообразни томове и истории бяха събрани в един том, който по същество е съвременната библия, както я познаваме. Съвременната Библия се състои от две части: Стария завет и Новия Завет.
Както католическата, така и протестантската Библия включват Новия Завет в същия формат. Разликата възниква в Стария Завет. Старият завет, включен в протестантската Библия, претърпя канонизиране на ученията или книгите. Канонизацията е процес на избиране на книгите, които трябва да останат и да станат част от Библията и които трябва да бъдат изключени. Протестантската Библия включва само онези книги, които се считат за Божии думи. Книги и истории, за които се смяташе, че са написани от „човек“, бяха изключени. Този процес на канонизация отнема много векове.
Старият завет в оригиналната Библия се основава на гръцки превод на еврейското Писание, наречен Септуагинта. Около 100 г. сл. Хр. Еврейските равини преразгледаха своето Писание и установиха официален канон на юдаизма, който изключи някои части от гръцката Септуагинта.
Премахнатите книги бяха Товит, Джудит, 1 Макавеи, 2 Маккавеи, Мъдростта (на Соломон), Сирах и Барух. Части от съществуващи книги бяха премахнати, включително Псалм 151 (от Псалми), части от Книгата на Естир, Сузана (от Данаил като глава 13) и Бел и Дракон (от Даниил като глава 14).

Римската католическа църква обаче не е следвала стъпките на протестанти и продължава да основава Стария си Завет на Септуагинта. Така че католическата библия все още съдържа оригиналните четиридесет и шест книги от Стария Завет, (които включват седемте книги на апокрифите) и двадесет и седемте книги на Новия Завет. Протестантската Библия, от друга страна, сега включва тридесет и деветте книги на Стария завет и двадесет и седемте книги на Новия Завет.