Ключова разлика: Атомите са основните единици, от които е създадена цялата материя. Атомите са малки, вариращи от 0, 1 до 0, 5 нанометра в ширина. Всеки атом от всеки елемент се състои от протони, неутрони и електрони. Атомите на различни елементи се събират, за да правят молекули. Това се случва чрез химическа реакция. Една молекула е най-малкото количество химично вещество, което може да съществува.

Елемент е чисто химическо вещество, което има един или един вид атом, който се отличава с атомния си номер. Атомният номер се извлича от броя на протоните, намиращи се в ядрото на елемента. Общо са идентифицирани 118 елемента, разделени между метал, металоиди и неметали. Всеки елемент има свой собствен набор от свойства. Повечето елементи са налични на земята, докато някои от тях са развити изкуствено чрез ядрени реакции. Елементът вече е в най-суровия си вид и не може да бъде допълнително разбит. Всички елементи могат да бъдат намерени в Периодичната таблица, изброени по атомен номер.
Всеки атом от всеки елемент се състои от протони, неутрони и електрони. Протоните и неутроните съставляват ядрото на атома и се намират в средата на атома. Ядрото е заобиколено от облак от електрони, които са свързани с ядрото чрез електромагнитна сила. Електроните имат отрицателен заряд, какъвто те са привлечени от ядрото, тъй като протоните в ядрото имат положителен заряд. Неутроните, от друга страна, нямат такса.
Броят на протоните, неутроните и електроните в атома определят кой елемент е той. Например: Атом от желязо има 26 протони, 30 неутрона и 26 електрона. Всеки атом от желязо ще има тази конфигурация.
Атомите на различни елементи се събират, за да правят молекули. Това се случва чрез химическа реакция. Например: два водородни атома и един кислороден атом се комбинират, за да образуват водна молекула.

Молекулата може да има много различни свойства от елементите, от които е направена. Например: водата се държи много по-различно от кислород или водород, въпреки че се състои от два водородни атома и един кислороден атом.
Освен това, един атом не може да съществува самостоятелно в природата, без да се свързва с нещо. Ние никога няма да намерим само един кислороден атом или един въглероден атом. Тя винаги е свързана с нещо като О2 (кислород) или СО2 (въглероден диоксид). Когато е свързана с молекулата, молекулата може да съществува независимо в природата, поради което винаги можем да намерим молекула кислород, молекула въглероден диоксид, молекула вода (H2O) и т.н.
В една молекула, атомите са залепени заедно в определена форма или форма. Това зависи главно от броя на връзките, които атомът може да направи. Атомите образуват молекули, като образуват химически връзки помежду си. Кислородните атоми винаги имат две връзки с други атоми, въглеродните атоми винаги имат четири връзки с други атоми, а азотните атоми винаги имат три връзки с други атоми. Поради това определен тип молекула винаги има определена форма, като петоъгълна, шестоъгълна, странична, двустранна и т.н.
Молекулите винаги са склонни да се групират заедно, тяхното формиране зависи от тяхното състояние. Като в газово състояние, молекулите са склонни да летят наоколо. В течно състояние, молекулите са склонни да се групират заедно, така че те все още могат да се движат. Докато в твърдо състояние, молекулите са плътно опаковани заедно и могат само да вибрират.
Молекулите обикновено са представени в молекулна формула. Например: О2, Н20, CO2, C6H12O6 (захар). Молекулната формула е името на елемента, последвано от броя на атомите на този елемент в молекулата.